Предисловие | 9 |
|
Глава 1. |
Общий фон и многообразие генетической изменчивости | 12 |
I. Методы исследования в популяционной генетике | 13 |
II. Понятие о генетических терминах | 16 |
a. Некоторые генетические термины | 17 |
b. Генетический код | 20 |
c. Структура генома и типичный эукариотический ген | 21 |
III. Введение в количественные методы | 23 |
а. Модели | 23 |
d. Средние, вариансы и доверительные интервалы | 27 |
c. Вероятность | 31 |
d. Матрицы | 34 |
IV. Генетическая изменчивость | 36 |
a. Изменчивость аллоферментов | 39 |
b. Нуклеотидная и аминокислотная изменчивость | 44 |
c. Видимый полиморфизм | 50 |
d. Мутации, летальные аллели и модификаторы приспособленности | 53 |
e. Полигенные, или количественные, признаки | 58 |
Задачи | 63 |
|
Глава 2. |
Количественная оценка генетической изменчивости | 66 |
I. Закон Харди-Вайнберга | 68 |
II. Межполовые различия по частоте аллелей | 76 |
a. Аутосомные гены | 77 |
b. Х-сцепленные гены или гены гапло-диплоидов | 79 |
III. Оценки аллельной частоты | 83 |
IV. Проверка закона Харди-Вайнберга | 93 |
V. Измерение генетической изменчивости | 97 |
a. Гетерозиготность | 97 |
b. Доля полиморфных локусов и другие величины | 102 |
VI. Оценка разнообразия нуклеотидного и аминокислотного состава | 103 |
VII. Измерение генетического расстояния | 105 |
Задачи | 109 |
|
Глава 3. |
Понятие об отборе | 112 |
I. Основная модель отбора | 116 |
a. Рецессивные летали | 121 |
b. Отбор против рецессивов | 125 |
c. Промежуточное доминирование (аддитивность) и отбор против гамет или против гаплоидов | 128 |
d. Отбор против доминант | 132 |
e. Общее доминирование | 133 |
f. Преимущество гетерозигот | 137 |
g. Невыгодность гетерозигот | 142 |
II. Развитие некоторых генетических положений | 145 |
а. Х-сцепленные гены или гены гапло-диплоидных организмов | 145 |
Ь. Множественные аллели | 150 |
Задачи | 155 |
|
Глава 4. |
Отбор: другие модели и оценки | 158 |
I. Компоненты приспособленности | 159 |
II. Отбор на жизнеспособность | 161 |
a. Различия в жизнеспособности на разных стадиях жизненного цикла | 161 |
b. Межполовые различия в жизнеспособности | 163 |
III. Половой отбор | 165 |
a. Негативно-ассортативное скрещивание | 167 |
b. Преимущество скрещиваний с самцами редкого типа | 169 |
IV. Отбор гамет | 172 |
a. Мейотический дрейф | 173 |
b. Аллели само не совместимости | 176 |
V. Оценка отбора | 179 |
a. Отбор на жизнеспособность | 180 |
b. Совершенный отбор | 185 |
c. Частоты генотипов | 187 |
VI. Экологическая генетика и балансирующий отбор | 189 |
a. Пространственная изменчивость | 196 |
b. Изменчивость приспособленности во времени | 202 |
c. Частотно-зависимый отбор | 207 |
Задачи | 214 |
|
Глава 5. |
Инбридинг и связанные с ним вопросы | 216 |
I. Инбридинг | 217 |
a. Самооплодотворение | 222 |
b. Частичное самооплодотворение | 224 |
c. Оценки перекрёстного оплодотворения и самооплодотворения | 229 |
d. Регулярные системы инбридинга | 234 |
e. Другие уровни частичного инбридинга | 237 |
f. Оценка инбридинга из родословных | 238 |
g. Метод расчёта цепи | 241 |
h. Инбридинг в природных популяциях животных | 247 |
II. Инбридинг и отбор | 250 |
a. Инбредная депрессия | 250 |
b. Изменение частот аллелей и условия для полиморфизма | 256 |
c. Родственный отбор | 261 |
III. Бесполое, или апомиксное, размножение | 262 |
IV. Положительная ассортативность скрещивания | 265 |
Задачи | 268 |
|
Глава 6. |
Генетический дрейф и эффективный размер популяции | 270 |
I. Генетический дрейф | 275 |
a. Метод матрицы вероятностей | 280 |
b. Эффект основателя и «бутылочного горлышка» | 287 |
II. Эффективный размер популяции | 292 |
a. Раздельнополость | 294 |
b. Вариация числа гамет | 296 |
c. Инбридинг | 299 |
d. Изменение численности популяции во времени | 300 |
e. Возрастная структура | 304 |
f. Размер соседства | 305 |
g. Гены митохондрий, хлоропластов и Y хромосом | 306 |
h. Генетические методы оценки эффективного размера популяции | 306 |
III. Отбор в ограниченных популяциях | 308 |
a. Направленный отбор | 308 |
b. Балансирующий отбор | 310 |
Задачи | 313 |
|
Глава 7. |
Поток генов и структура популяций | 314 |
I. Структура популяций | 316 |
a. Модель материк-остров | 316 |
b. Обобщенная модель | 319 |
c. Эффект Воланда | 322 |
d. Гаметический и зиготический генные потоки | 324 |
II. Оценка генного потока и структура популяции | 326 |
a. Популяции гибридов | 326 |
b. Прямое наблюдение потока генов | 329 |
c. F-коэффициенты и другие показатели дифференцированной популяции | 332 |
III. Структура популяции и генетический дрейф | 340 |
a. Модель материк-остров, или островная модель | 340 |
b. Лестничная модель | 344 |
c. Метапопуляция | 345 |
IV. Генный поток и отбор | 348 |
a. Модель материк-остров | 349 |
b. Дифференцирующий отбор и клинья в структурированной популяции | 356 |
Задачи | 360 |
|
Глава 8. |
Мутации | 362 |
I. Изменение аллельной частоты под действием мутаций | 367 |
a. Прямые и обратные мутации | 368 |
b. Судьба единичных мутаций | 370 |
II. Баланс мутаций и отбора | 372 |
a. Рецессивные мутации | 372 |
b. Доминантные мутации | 376 |
c. Промежуточное доминирование и груз мутаций | 377 |
III. Мутации в конечной популяции | 380 |
a. Нейтральность | 381 |
b. Отбор | 386 |
IV. Оценка скорости мутирования | 388 |
a. Доминантные и кодоминантные мутации | 388 |
b. Рецессивные мутации | 391 |
c. Оценка накопления мутаций | 392 |
d. Факторы, влияющие на скорость мутирования | 394 |
Задачи | 398 |
|
Глава 9. |
Молекулярная генетика популяций и эволюция | 314 |
I. Нейтральность и прогнозы молекулярной изменчивости | 401 |
a. Балансирующий отбор | 402 |
b. Теория нейтральности | 405 |
c. Молекулярные часы | 411 |
d. Коалесценция и генные деревья | 420 |
II. Доказательства отбора и проверка теории нейтральности | 425 |
a. Использование кодонов | 426 |
b. Синонимичные и не синонимичные нуклеотидные замены | 428 |
c. Тест Эвенса-Ваттерсона | 432 |
d. Тесты Хадсона-Крайтмана-Агвейда и МакДональда-Крайтмана | 435 |
e. Тест Таджимы | 438 |
III. Молекулярная филогенетика | 439 |
a. Невзвешенный парно-групповой метод (НПГМ) | 441 |
b. Метод объединения соседей | 444 |
c. Максимальная экономия | 447 |
IV. Анализ отцовства и идентификация личности | 450 |
a. Анализ отцовства | 451 |
b. Идентификация личности | 457 |
Задачи | 460 |
|
Глава 10. |
Мультилокусные модели | 462 |
I. Понятие о гаметическом неравновесии | 464 |
II. Гаметическое неравновесие и инбридинг, генетический дрейф, генный поток и мутации | 474 |
a. Инбридинг или репродуктивная система | 474 |
b. Генетический дрейф | 477 |
c. Поток генов | 481 |
d. Мутации | 482 |
III. Мультилокусный отбор | 485 |
a. Приспособительный эпистаз | 485 |
b. Направляющий отбор в двух локусах | 487 |
c. Основные двухлокусные полиморфизмы | 489 |
d. Некоторые выводы | 497 |
IV. Генетический фон и генетический хичхайкинг | 499 |
V. Рекомбинация и генетическая изменчивость | 507 |
VI. Оценка гаметического неравновесия | 512 |
а. Прямая идентификация гамет | 513 |
b. Два кодоминантных локуса | 517 |
c. Множественные аллели | 519 |
Задачи | 519 |
|
Глава 11. |
Количественные признаки и эволюция | 522 |
I. Природа количественных признаков | 523 |
a. Общие характеристики | 523 |
b. Гены, влияющие на количественные признаки | 528 |
II. Количественная генетическая модель | 532 |
III. Оценка генетической вариансы и наследуемости | 543 |
a. Редукция или элиминация одной компоненты вариансы | 543 |
b. Сходство между родственниками | 546 |
c. Реализованная наследуемость | 554 |
d. Факторы, влияющие на генетическую вариансу | 557 |
IV. Отбор по количественным признакам | 564 |
a. Отбор в природных популяциях | 564 |
b. Ответ (реакция) на отбор | 568 |
c. Оценка отбора в природных популяциях | 575 |
V. Идентификация локусов количественных признаков (ЛКГТ) | 579 |
Задачи | 586 |